Genom evolutionen har växter och djur utvecklat försvarsmekanismer, inklusive kemiska repellenter och toxiner, mot angripande organismer. I sin tur har de angripande organismerna utvecklat mekanismer som gör det möjligt för dem att avgifta eller på annat sätt motstå de defensiva kemikalierna hos sina värdar. Det verkar alltså som att de flesta skadedjursarter redan innehåller gener som gör det möjligt för dem att bryta ned enzymatiskt eller på annat sätt kringgå de toxiska effekterna av många typer av kemikalier som har utvecklats som moderna bekämpningsmedel. Resistens mot bekämpningsmedel är därför ett genetiskt baserat fenomen och uppstår när ett bekämpningsmedel används på en population som innehåller vissa individer som är genetiskt predisponerade för att vara resistenta mot det bekämpningsmedlet. Upprepade appliceringar och högre behandlingshastigheter kommer att döda ett ökande antal av skadedjuret, men resistenta överlevande kommer att överföra resistensgenerna till nästa generation. Om inte en annan behandlingsregim används kommer populationen att innehålla ett ökande antal resistenta skadedjur och där reproduktionshastigheten är hög, t.ex. hos insekter, kommer hela populationen snabbt att bli resistent.
När ett skadedjur väl har utvecklat resistens mot ett visst bekämpningsmedel är det nödvändigt att ha andra sätt att bekämpa den. En metod är att använda ett annat bekämpningsmedel, särskilt ett i en annan kemikalieklass som har ett annat verkningssätt mot skadegöraren. Man måste dock se till att multipel resistens, dvs resistens mot flera klasser av bekämpningsmedel, inte introduceras i befolkningen. Den bästa strategin är att undvika att bygga upp en resistent population och olika procedurer har utvecklats för detta. Olika förvaltningsstrategier har rekommenderats för att undvika uppbyggnad av resistenta populationer på grund av användningen av bekämpningsmedel. US EPA och kanadensiska PMRA har utarbetat ett frivilligt märkningssystem, tillsammans med rekommendationer för att undvika resistens, ge användarna handlingssätt och information om målplatsen.